Eski FBI ajanı Doktor Scully, ölmek üzere olan Christian’ın hayatta kalmasını sağlamaya çalışır. Bu sırada FBI ajanı Drummy, Doktor Scully’i ziyarete gelir ve ondan FBI ajanı Monica Benan dahil, kaybolan kızları bulmak için X-Files departmanındaki Scully’nin arkadaşı eski FBI ajanı Fox Mulder’ı göreve geri çağırmasını talep eder. Scully Mulder’ı zor da olsa ikna eder.Kaçırılan kızları zihninde gördüğüne inanan ve eskiden sübyancı olan rahip Joseph (Joe) Fitzgerald Crissman FBI ile iş birliği yapar. Doktor Scully rahip Joseph Fitzgerald Crissman inanmaz ve onu sürekli sorgular. İş üstünde olan ekip bir kızın daha kaçırıldığının haberini alır.İnanmak isteyenler için Gizli Dosyalar yeniden açılıyor. 6 yıllık bir aradan sonra X-Files geri dönüyor. Komedi filmlerinde görmeye alışkın olduğumuz Amanda Peet ve Billy Connely bu sefer bambaşka film tarzıyla karşımıza çıkıyor. X-Files yaratıcılarından yazar Chris Carter, bu sefer de yönetmen koltuğunda.